Раздел основной игры
Противостояние с Акацки усиливается с каждым днем. Организация наконец приступила к поимке биджу, и каждая из скрытых деревень стремится защитить своих джинчуурики любой ценой.
Однако не все дела у организации идут столь гладко. Орочимару, покинувший организацию, знает об их истинной цели, и она никак не входит в планы саннина. Он разыгрывает свои карты, умело вставляя им палки в колеса и стремясь достичь своих собственных целей.
Тем временем в Коноху после нескольких лет тренирок возвращаются Узумаки Наруто и его наставник Джирайя. Руководство деревни крайне озабочено безопасностью единственного джинчуурики и не спускают с него глаз. Шимура Данзо решает воспользоваться случаем и склонить его на свою сторону, желая полностью взять под контроль. Для этой цели он также назначает в команду №7 нового члена из «Корня АНБУ» под именем Сай.
Ситуация в Кири неустойчивая. Недавно принявшая титул Мизукаге Теруми Мей старается наладить отношения с другими деревнями, желая поскорее покончить с темной и мрачной репутацией Кровавого Тумана. Но не все разделяют ее устремления. Некоторые по-прежнему считают, что миролюбивая политика не подходит Кири. Эти люди тайно собираются, намереваясь положить конец правлению Пятой. Лицо загадочного лидера этого тайного собрания не известно почти никому.
Коноха и Кири планируют подписать союзный договор. Накануне подписания ситуация все больше обостряется, и некоторые по обе стороны желают воспользоваться ею в свою пользу.

О краткой хронологии игровых событий можно прочесть в этой теме: Хронология игровых событий

Раздел альтернативной игры
Сюда входят все остальные таймлайны, по которым также можно играть. В нем есть несколько подразделов:
Преканон - События, происходящие в далеком, или даже очень далеком прошлом, связанном хронологически с основным сюжетом нашей игры. Это могут быть и времена Мадары, и времена до основания деревень, и времена любых мировых войн - что угодно.
Альтернативный постканон - События, происходящие в будущем, или очень далеком будущем, не связанные с нашим каноничным временем. Включает в себя отыгрыши по «Боруто», который также считается у нас альтернативным миром, и другие вариации будущего.